本文为「办案札记」合集系列文章，收录本人办案与研究过程中的实务观察与思考。本期起点，是一位常年法律顾问单位负责人就“股东私下协议与备案的公司章程不一致、究竟以何为准”向我提出的咨询。
我担任常年法律顾问的一家公司，最近遇到一件让它颇为棘手的事，来向我咨询。
问题出在两份“文件”上。公司设立时，股东之间私下签过一份协议，里面约定了一些公司治理的安排，其中就包括“总经理由某一方选任”。可到了公司实际运行时，股东们发现：协议里写的这套，和当初为设立登记而备案的公司章程并不一致——章程把聘任、解聘经理的权限，交给了公司董事（会）。
于是争执起了：一方股东拿着协议，主张总经理该由自己这一方来定；公司则被夹在中间——私下协议与章程打架时，到底该按哪份办？能不能一句“以协议为准”就了结？
这类情形，做公司常年法律顾问的常会碰到。我的处理，向来不是简单回答“以协议为准”或“以章程为准”，而是先帮公司把两份文件的性质分清——股东协议，是股东之间的一份合同；公司章程，是公司这个组织的宪章。二者管的事，本就不一样。下面展开说。
一、先认清：一份是“合同”，一本是“宪章”
处理这类问题，第一步不是比谁字多、谁签得早，而是看清两份文件的法律性质根本不同：
股东协议（合资/合伙/合作协议），本质是股东之间的合同。它管的是签约股东之间“怎么分账、谁承诺了什么事、谁违约赔谁”——靠的是合同法那一套（意思自治、违约责任）。
公司章程，本质是公司的“宪章”。它依法定程序制定并备案，管的是公司这个组织怎么设立、怎么运行、权力怎么分配——靠的是公司法那一套（组织法、治理规则）。
一句话：合同是“几个股东之间的约”，章程是“公司这个组织的基本法”。性质不同，用途不同，本该各管各的。矛盾之所以产生，多半是有人拿“合同”想去管“公司”，或者拿“章程”去套“股东私下的许诺”。
二、先看实务分歧：这道题，现在并没那么一边倒
“股东协议约定总经理由某方选，章程却把聘任权给了董事/董事会，到底听谁的？”——我得先如实交代：这道题，目前各地法院、各派观点并没有一个统一的、板上钉钉的答案。我摆几类有代表性的判例，正反都有，供参考：
观点一：全体股东一致签、公司也盖章的协议，可被视为“对章程的具体解释”，甚至能据此撤销违反它的决议
最典型是最高法【(2017)最高法民再172号】：全体股东+公司盖章的《增资扩股协议书》约定“董事长由某方委派的董事中产生”，后董事会另选他人。最高法认为该协议虽名为协议，但主体上包括公司和全体股东、内容上属章程法定记载事项、效力上仅次章程，法律性质应属公司对章程相关内容的具体解释，董事会决议违反它等于违反章程，可撤销。
观点二：公司内部治理事项（谁当董事长、谁任总经理），以章程为准，股东协议对“公司层面的产生程序”没有直接约束力
北京四中院【(2020)京04民初642号】认为，合资合同约定董事长由一方委派、章程却规定由董事选举，应以章程为裁判依据——董事长产生属公司内部治理，合资合同对董事长产生程序无直接约束力。徐州中院的高某某诉汉达公司案也走这一路：股东协议约定“任总经理、聘期不低于两年、不得无故解聘”，但章程规定经理由执行董事聘任/解聘，执行董事后来依职权免了他，法院判聘任/解聘总经理是董事（执行董事）的法定职权，章程未限制，私下协议拦不住，免职有效。
观点三：协议约定某一方在总经理人选上说了算，另一方绕过约定直接任命，法院认定违背协议约定，任命可撤销
江苏盐城中院【(2015)盐商终字第00105号】：合作协议约定一方享总经理人选提名权，控股方绕过去任命自己人，法院判明显违背协议约定，予以撤销。
这几类判例方向并不完全相同——有的向“全员协议≈章程解释”倾斜（观点一/三），有的向“治理以章程为准”倾斜（观点二）。分歧的根源，归结起来就一句话：那份协议，到底有没有“升格”成公司的意志。
只是部分股东私下签、没进章程没备案 → 靠近观点二，协议约束力弱，管不住公司治理；
全体股东签了、公司也认了、甚至写进了章程 → 靠近观点一/三，协议能当“章程解释”，分量接近章程。
实务之所以“吵”，就是因为很多公司那份协议的“升格程度”模棱两可——既不像纯私下约定那么弱，也没正式升格成公司意志。落到个案，法官的自由裁量空间不小。
三、我的观点：公司治理按章程，违约责任按协议
分歧摆完，说说我的判断。这些年给公司立规矩，我最常用、也最认同的落点是这一句——
公司怎么治理，按章程办；股东谁违约，按协议追。两条轨道，分开走，别混。
为什么在这个分歧里我主张站这一边？因为“协议有没有升格成公司意志”这把尺子，恰恰要靠“治理轨道”来量。章程是公司唯一的、公开备案的“宪章”；协议要约束公司、要替公司定总经理人选，必须通过章程修改、股东会/董事会决议这些治理程序升格进来。没走这些程序的协议，就该老实待在“股东之间”的合同层。
把这句话展开，是三层：
第一，公司“怎么运行”这一半，以章程为纲。总经理由谁聘任、董事会/执行董事有什么职权、重大事项怎么表决、法定代表人是谁——这些是公司治理的事，归章程管。公司、股东、董监高都受章程约束。哪一派股东想靠私下协议替公司决定“总经理人选”，只要没升格成公司意志（写进章程、或经公司以决议认可），公司在治理上就不必被它绑架——该由董事（会）依法聘任/解聘的，照章办。
第二，股东“谁承诺了什么”这一半，以协议为据。某派股东在协议里承诺“总经理由我们选”“我保证三年内不减持”“达不到业绩由我补足”——这些是股东之间的合同承诺。谁不守，就按协议去追究谁的违约责任（赔钱、补足等）。但注意：追的是“违约股东的违约责任”，不是“要求公司按协议运行”。
第三，也是最关键的：协议里“总经理由某方选”这种约定，不是让公司必须照做的“治理命令”，而是可以折成“违约责任”的“合同义务”。协议想锁住的总经理人选被换掉，守约方真正的救济，是对违约的签约方主张违约责任，而不是逼着公司把那个人请回来。公司作为中立方，不必在两派股东的内部合同纠纷里站队，更不必替他们买单。
四、所以，公司到底该怎么处理？——中立视角的六步走
落到顾问单位能直接用的层面，我给公司梳理的“理顺路径”是这样：
第一步，先“体检”：把协议和章程逐条比一遍，标出打架的地方。
别等两派股东闹起来才查。把《合资/合作协议》里涉及“治理”的条款（总经理由谁选、谁能当法定代表人、重大事项谁说了算、股权转让限制），跟章程一一对照，凡是冲突的、容易起争议的，先列出来。
第二步，属于“治理”的，该进章程的进章程。
那些决定公司往哪走、听谁指挥的安排（总经理选任、表决权结构、一票否决、任免程序），别只放在协议里裸奔，要同步写进章程并备案。章程才是那本能定公司治理的“宪章”。协议写得再漂亮，不落进章程，在治理这一层就是虚的。
第三步，属于“股东承诺”的，留在协议里当“合同”，并写明违约责任。
分红、回购、业绩承诺、人事安排这类股东之间的约定，让它待在协议里就好。关键是把“违约了怎么办”写清楚——谁不履行选任/分红/补足义务，赔多少、怎么算。这样万一有一方反悔，直接落“违约责任”，清清楚楚，不用去跟公司治理缠在一起。
第四步，一旦协议跟章程正面冲突，公司按章程运行，把“争议”导回“违约”轨道。
公司开董事会/股东会该怎么走照走，决议该做照做。哪派股东觉得权利被架空，让他拿协议去对违约的签约方主张违约责任——公司作为独立法人，不该为股东内部合同的违约结果买单。当然，前提是公司自己的决议程序要合法合规，别留下程序瑕疵让人抓。
第五步，防一手：控股股东别“滥用资本多数决”去碾压小股东。
公司要守住章程，但守章程不等于可以仗着持股多、用资本多数决把小股东在协议/章程里的正当权益连根拔掉——那样可能被反制，法院会判决议无效或撤销【参考(2015)潭中民三终475号：控股方借资本多数决通过章程修正案，随意剥夺小股东提名副总经理、董事各一人的权利，被认定滥用股东权利、决议无效】。守章程要守得堂堂正正，程序到位、不侵害股东法定与约定权益，才站得住。
第六步，结构一变，就“对账”一次。
每次改股权、引投资、换管理层，都顺手把协议和章程拿出来比对，不一致的及时通过股东会决议修订章程。很多“协议vs章程”的雷，都是几年不动的旧章程跟已经变了好几轮的股东安排脱节埋下的。
五、说点新鲜的：最高法正在给这道题立规矩
最后说个值得留意的动向。2025年9月30日，最高法院发布了新《公司法》司法解释的征求意见稿，其中第十二条专门就叫“股东协议与公司章程”，第一次尝试给“股东协议能不能约束公司”划界线。
它的大意是：股东之间签的协议，股东拿着去要求别的股东担责，法院支持；但要求这份协议对公司也发生效力，一般不予支持，除非满足几种情形——比如全体股东就股东会决议事项以书面形式一致表示同意并签了字、或者法律明确规定、或者公司以决议形式明确认可了。
虽然还只是征求意见稿、没正式生效，但方向已经很明白：立法和司法都倾向于——股东协议归根结底是“股东之间”的合同，想让它管到公司头上（包括替公司决定总经理人选），得通过决议、认可等程序把个体合意“升格”成公司意志。这恰好印证了我前面的观点“治理按章程、违约按协议”：协议对公司生效的门槛，恰恰是“升格成公司意志”这一步，而这步本身就走的是治理轨道。
结语
公司的处境其实不复杂——它既是股东协议的“局外人”（协议约束的是股东，不当然约束公司），又是这场争议绕不开的“战场”（总经理、表决、分红都发生在公司里）。要从中立位置把公司理顺，别跟着某派股东一起喊“以协议为准”或“以章程为准”，而是先把实务分歧看清楚，再把两条轨道分开——
公司怎么治理，按章程办——这是组织法的底线。公司守住了，就不会被哪派股东私下协议绑架；
股东谁违约，按协议追——这是合同法的归处。哪派股东吃了亏，去对签约方要个说法，公司不必陪绑。
私下签协议，图的是股东之间的灵活与默契，这没错；但它管不了公司这个组织的运行。让章程守住公司治理的底盘，让协议清算股东之间的违约，两份文件各司其职、各管一摊，公司才不至于在两派股东中间被来回撕扯。对我这样的常年法律顾问来说，能把这一点给公司讲透、帮它把治理框架立稳，比在个案里替某派股东争输赢，更要紧得多。
高超新律师（福建策问律师事务所合伙人）